南京作为长三角三大中心城市之一、南京都市圈的核心城市、长江下游地区唯一省会城市和跨江发展城市，交通区位优势明显。南京禄口国际机场是我国大型枢纽机场、华东地区的主要货运机场、航空货物与快件集散中心，目前已开通了南京至法兰克福、阿姆斯特丹、温哥华、洛杉矶、芝加哥、莫斯科、东京、大阪、新加坡、曼谷、金边、首尔和香港、澳门、台北等城市（或地区）的客货运航线，与国内外70多个城市通航。
南京港是我国率先跨入亿吨级的江海型内河港之一，是长江万吨海轮航道的终端，拥有万吨级泊位42个，对外辐射80个国家（或地区）160个港口。南京是铁道部“十一五”期间重点发展的华东地区铁路枢纽，开通了分别至欧美、俄罗斯、乌兹别克斯坦、哈萨克斯坦、蒙古、朝鲜等铁路国际联运班列。计划于2011年建成的南京南站，汇集京沪、沪宁等多条铁路客运线路，将成为亚洲最大的交通枢纽。南京作为国家级公路主枢纽城市，现有4条国道、8条省道及沪宁、宁杭等多条高速公路交会，长江大桥、二桥、三桥以及在建的长江四桥和纬七路过江隧道成为联系长江南北两岸地区经济、文化交往的重要通道。